L'histoire se déroule 12 ans plus tôt, pendant la guerre mondiale entre les villages ninja. Le jeune Kakashi est alors dans l'équipe dirigée par Minato Namikaze, celui qui deviendra le 4e hokage. Ses compagnons sont Obito Uchiwa, un ninja assez trouillard qui n'arrivait jamais à l'heure et surtout s'inventait des excuses que personne ne croyait, et Lin, une kunoichi spécialiste en médecine.
Kakashi est un ninja surdoué et vient d'ailleurs d'obtenir sa promotion au rang de jōnin alors qu'il n'a que 13 ans. Il a également mis au point son chidori, tout seul sans aucune aide, une technique très efficace destinée aux assassinats, qui a malgré tout une petite faille : les mouvements de Kakashi sont si rapides qu'il ne peut pas voir les contre-attaques de son adversaire, aussi son sensei lui déconseille de l'utiliser.
Entre Obito et Kakashi il y a une rivalité comparable à celle entre Naruto et Sasuke. Comme Sasuke, Obito est un membre du clan Uchiwa, il possède donc la technique héréditaire du Sharingan... mais il n'a pas encore réussi à l'éveiller, ce qui le laisse à un niveau inférieur à celui de Kakashi.
Kakashi est le fils du ninja de génie Sakumo Hatake, aussi connu sous le nom de « Croc-blanc de Konoha ». Sakumo était respecté comme un sannin légendaire, jusqu'au jour où, lors d'une mission il dut choisir entre la survie de ses équipiers ou le succès de la mission. Il préféra sauver la vie de son équipe mais par sa faute le pays du feu subit de lourdes pertes. Sakumo fut déshonoré, et même les compagnons auxquels il avait sauvé la vie l'abandonnèrent. Sakumo mit fin à ses jours. Après cela Kakashi n'a plus jamais parlé de son père et il se borne à suivre les règles et les lois à la lettre.
Les circonstances de la guerre amènent l'équipe à effectuer une mission périlleuse en territoire ennemi. L'équipe doit se séparer. Kakashi, fraîchement promu jōnin, se retrouve pour la première fois leader d'Obito et Lin, tandis que leur ancien sensei part dans une autre direction.
Malheureusement, les 3 jeunes ninjas tombent dans une embuscade. Au cours du combat, alors qu'Obito est sur le point d'être tué à cause d'une maladresse, Kakashi s'interpose pour sauver son ami et est sérieusement touché à l'½il gauche. La violence de la scène éveille le sharingan d'Obito qui peut ainsi apercevoir l'ennemi camouflé et lui planter un kunaï dans le c½ur.
Au cours du dernier affrontement, dans une grotte, l'ennemi utilise une technique doton qui provoque un éboulement. Kakashi, assommé par une pierre, est pris au piège. Alors qu'un rocher va l'écraser, Obito se sacrifie pour le sauver. Obito, mourant, demande alors à Lin d'utiliser ses compétences médicales pour lui arracher son sharingan et le greffer à Kakashi pour remplacer son ½il gauche crevé lors du combat.
Kakashi obtient ainsi l'élément manquant pour rendre son chidori parfait : le sharingan lui permet en effet d'anticiper les mouvements de l'adversaire, et donc de voir ses éventuels contres. Néanmoins, le sharingan ainsi greffé consomme énormément de chakra, ce qui obligera par la suite Kakashi à porter un bandeau sur l'½il lorsqu'il ne l'utilise pas, pour économiser son énergie spirituelle.
Grâce à son chidori, Kakashi parvient à sauver Lin, repoussant les nombreux adversaires jusqu'à l'arrivée des renforts.
L'histoire se termine sur l'image de Kakashi, posant des fleurs sur la tombe de son meilleur ami, mort en héros pour le sauver.
Cet évènement va complètement changer Kakashi. Lui qui ne jurait que par la ponctualité, le respect des règles et la réussite de la mission coûte que coûte, va maintenant comprendre que ces règles ne valent rien si l'on doit abandonner ses amis. Les épreuves des deux clochettes et des deux bols de nourriture qu'il fera passer à l'équipe Naruto Uzumaki-Sakura Haruno-Sasuke Uchiwa vont dans ce sens. On remarquera qu'il a également adopté l'attitude un peu désinvolte d'Obito : ses élèves lui reprochent souvent d'être toujours en retard sous de faux prétextes aux entrainements.
